Si te soy sincero, la verdad es que nunca me preocupé del soporte de proxy. Pero segun tengo entendido, la configuración de Kopete en ese aspecto es común al resto de KDE y se realiza en la configuración de KDE (ajustes de sistema->opciones de red->proxy->socks).
Eso si, despues me parece que en la configuración de la cuenta MSN, hay que seleccionar la opción “Usar método HTTP”.

De todas formas, ya te digo, nunca lo he probado así que a me dirás si funciona.

Por lo demás, Kopete me gusta bastante, y de vez en cuando chequeo si en el nuevo le dan funcionalidad a la conexión bajo proxy.